Die Orgel wurde 1987 aus Pfeifenwerk der im selben Jahr abgerissenen alten Domorgel gebaut.

Bei der Umstellung vom ursprünglichen Standort Kaigasse ins Borromäum (ca. 2000) fand ein Umbau durch Mertel statt: Anstelle Nasat 1 1/3' kam einer neuer Prinzipal 2'. Der Nasat wurde als 2 2/3' ab c° zusätzlich auf den Stock der Flöte gesetzt. Dazu wurde auch eine zusätzliche Schleife eingebaut. Die Gitterfüllungen wurden zur Lautstärkenminderung mit Brettern hinerlegt.

Ca. 2010 Senkung des Winddrucks zur abermaligen Minderung der Lautstärke durch Orgelbau Pieringer.

2015 Neuregulierung der Mechanik durch Orgelbau Linder, Nußdorf a. Inn.

2023 Transferierung in die Kapelle der Dompropstei durch Roland Hitsch, Salzburg und Kilian Gottwald, Amöneburg. Dabei wurde neben einer Generalüberholung der ursprüngliche Winddruck wiederhergestellt und die Disposition dem neuen Einsatzzweck angepasst. 

Das Pfeifenwerk ist wie folgt zusammengesetzt:

Copula 8' = C-f''' Mauracher 1883, fs'''-g''' Mertel 1987, Holz

Principal 4' = C-Fs Holz Mertel 1987 aus Spitzflöte, G-g''' ehem. Quinte 2 2/3' aus der Orgel des ehem. Hans Rosbaud Studios des SWR Baden-Baden, W. Scherpf/Laukhuff 1968.

Octavino 2' ab c° = Mertel 2004

Quintatön 8' = C-Fs Holz Mertel 1987 mit neu gebauten "Mauracher-Labien", ab G dann 12 Pfeifen Mauracher 1883, dann bis c''' Egedacher 1703 mit einzelnen Mooserpfeifen durchmischt, e'''-g''' untypisch mit Holzstopfen gedeckt

Flaute 4' = C-Fs neu, gedeckt, dann konisch mit Kastenbärten, Egedacher 1703 (Nachthorn 4') mit neueren Pfeifen von Mooser 1842 durchmischt. Einzelne nich mehr reparable Pfeifen von Mertel 1987 ersetzt

Bordun 8' = C-H Mertel 2004, Holz, c°-h° Holzgedeckt innenlabiert, Mauracher 1883 oder 1912, c'-f' Holz gedeckt innenlabiert Mertel 1987