1932 von Dreher und Flamm, ehemals Cäcilia Orgelbau AG, Salzburg, als 2-manualige Orgel erbaut und 1935 um ein Fernwerk im Altarraum als 3. Manual erweitert. Die für die Erweiterung verwendeten Orgelteile setzten sich aus der alten, 1870 von M. Mauracher erbauten Orgel und aus Beständen des 1935 aufgelösten Lagers der ehem. Cäcilia Orgelbau AG zusammen. Das Fernwerk war durch das Physikkabinett der Schule begehbar. Anstatt gleich einen neuen Hauptspieltisch zu beschaffen, wurde der vorhandene zweimanualige Spieltisch kurzerhand auf drei Manuale und etliche neue Koppelschaltungen erweitert, was in de Folgezeit immer wieder für massive Störungen sorgte. Das Schwellwerk des 2. Manuals wurde dabei entfernt und ein neuer Schweller für das Fernwerk eingerichtet. Die im 2. Manual vorhandene Solotrompete übersiedelte zugunsten einer neuen Oboe 8' in das Fernwerk.

1946 musste das Fernwerk instand gesetzt werden. Im Mai 1957 fand dann eine Reinigung statt. Nach längerer Unspielbarkeit des Fernwerks wurde dies um 2010 rückstandslos entfernt.

2018-19 Restaurierung der Hauptorgel durch Orgelbau Alois Linder, Nußdorf am Inn. Dabei Einbau einer Setzeranlage, neue Trakturmagneten etc. und Rekonstruktion des 1935 entfernten Schwellkastens wie der Solotrompete 8'. Die Orgel besitzt große Ähnlichkeiten mit dem 1935 in Obertrum erbauten Instrument.