1703 Neubau auf zwei Manualen und Pedal durch die Hoforgelbauerfamilie Egedacher. Den Kontrakt unterschrieb u.a. Hofkapellmeister H. I. Biber.

Ab 1705 Erweiterung auf drei Manuale, wobei das dritte Manual geteilte Schleifen und einen, im Gegensatz zu den beiden anderen Manualwerken von 1703, größeren Tonumfang von 47 Tönen, also mit Fis und Gis besaß. Es war zudem nicht koppelbar, sondern komplett selbstständig. Um Inspirationen für dieses mit zahlreichen Charakter-, bzw. Galanterieregistern ausgestattete Werk zu erhalten, wurden Johann Christoph Egedacher und Ignaz Egedacher auf Kosten des Fürsterzbischofs nach Italien geschickt. Möglicherweise stammte die Idee zu diesem experimentellen Werk bereits von Biber? Im Grunde genommen ist es die Vorwegnahme dessen, was zuerst im 19. Jahrhundert in Italien z.B. bei den Brüdern Serassi mit ihrem zahlreichen geteilten Solo- und Farbstimmen und später Anfang des 20. Jahrhunderts im Angelsächsischen Raum als "Orchestral Division" in Mode kam.

Das 1706 fertiggestellte, damals quasi hypermoderne Werk wurde im Orgelunterbau in Bass- (Blick zur Orgel rechts) und Diskantlade (Blick zur Orgel links) aufgestellt. Durch zwei noch heute in umgebautem Zustand vorhandene Türen an der Prospektseite konnte der Klang auf die Empore geleitet werden, um damit dort befindliche Musiker zu begleiten. Bei geschlossenen Türen trat der Klang durch zwei, ebenfalls noch heute vorhandene, durchbrochene Voluten unterhalb der Pedalpfeifen aus. Die in der Literatur gelegtentlich geäußerten Angaben, dass sich das dritte Manual im Kronwerk befand und dieses zudem zur Vergrößerung der Lautstärke hätte dienen sollen, sind aufgrund der Quellenlage nicht mehr haltbar. Ebenfalls nicht haltbar ist, dass die Große Orgel immer nur beim Ein- und Auszug des Bischofs gespielt worden wäre. In diesem Falle wäre die Erweiterung 1705-1706 nicht notwendig gewesen. Möglich ist nur, dass sich die Verwendungspraxis der Orgel im Lauf der Jahre geändert hatte, was dann später ohne genauere Prüfung auf die gesamte Existenz des Instruments von Anfang an ausgelegt wurde.

Die Erweiterung muss bereits 1702 geplant gewesen sein, da in das Gehäuse von Anfang an u.a. die genannten Schallöffnungen nebst Schallkanälen zu den Voluten eingearbeitet waren. Anstelle der beiden ebenfalls 1705/06 eingefügten harfenförmigen Seitenflügel waren dort seit 1703 muschelförmige Verblendungen für die beiden Hauptwindkanäle vorhanden. Die Kanäle sind, wie die beiden Balgstuben, ebenfalls heute noch in Resten vorhanden. Ehemals vorhandene barocke Fenster für die Kalkanten wurden erst nach 1988 zugegipst und mit neuem Stuck verblendet. Teilweise sind die barocken Fensterrahmen heute noch erhalten.

1718 erneuter Umbau durch Egedacher. Hierbei wurden viele Pfeifen neu angefertigt. Möglicherweise handelte es sich in erster Linie um Mensurveränderungen, da die 1841 aufgezeichnete Disposition nur in wenigen Details von der Sambers (1705) abweicht.

Ab 1828 Reparaturen durch Mathias Mauracher aus Tirol

Im Sommer 1841 wurde beim Salzburger Orgelbauer Ludwig Mooser eine sogenannte "Reparatur" in Auftrag gegeben, um die Orgel zum Mozartfest 1842 in gutem Stand zu haben. Diese Arbeit wurde von den zuständigen Stellen genehmigt, wobei der Begriff "Reparatur" damals anders aufzufassen war: Der von der Landesregierung genehmigte Kostenanschlag vom 29.7.1841 sah einen Teilneubau der Orgel und die Erweiterung auf 47 klingende Register vor. Dazu sollten u.a. alle Windladen neugebaut werden um die Umfänge von 54 Tasten in den Manualen und 25 Tasten im Pedal zu erreichen. Zudem waren Bälge, Spieltisch, Mechanik etc. zu erneuern. Entsprechend dem Zeitgeschmack sollten zahlreiche Register umdisponiert werden, was Mooser in seinem Angebot auch detailliert auflistet. Folglich war - nach heutiger Definition - ein technischer Neubau unter Verwendung des vorhandenen Gehäuses und großen Teilen des Pfeifenwerks beauftragt worden. 

Warum auch immer kam Mooser während der Arbeiten auf die Idee die Orgel auf 60 geplante Register erweitern zu müssen, was allerdings nicht genehmigt worden war. Die verantwortlichen Stellen reagierten entsprechend verärgert, sodass Mooser nie das gesamte geforderte Honorar dieses Umbaus erhielt. Letztlich besaß die Orgel aufgrund der Meinungsverschiedenheiten zwischen der geldgebenden Ladesregierung und dem Orgelbauer wohl niemals die geplante Registerzahl von 60 Stimmen, da in verschiedenen Archivdokumenten fehlende Register bemängelt werden. Interessanterweise standen im Prospekt der beiden Harfenfelder jetzt die Pedalregister "Chorbaß 8'" und auf der anderen Seite eine als "Acoustisch 32'" bezeichnete offene Quinte 12'. Das Hauptwerk befand sich weiterhin im 8' hohen Mittelbau mit Prinzipal 8' im Prospekt. Der neu ins Hauptwerk gekommene Prinzipal 16' passte dort von C-H jedoch nicht hinein und wurde daher im Bass aus dem Pedal transmittiert - siehe unten. Das Positiv war am Standort des Galanteriewerks und im Kronwerk befand sich das "Second Manual". Für den Prinzipal 8' des Letzteren nutzt Mooser kurioserweise den Egedacher'schen Holzprinzipal 8' aus dessen Hauptwerk, der sich natürlich nicht im Prospekt bedand. Die beiden 16'-Register des Hauptwerks (Prinzipal 16' und Bordun 16') hatten ihre Pfeifen aus Platzgründen von C-H mit den Pedalregistern Principalbass 16' und Flautonbass 16' zusammengeführt. Dies ist ein früher Beleg einer mechanisch angesteuerten Transmission, wie er dann erst wieder zu Ende des 20. Jahrhunderts richtig in Mode kam.

Bemerkenswert ist, dass Mooser als eine der Mehrleistungen neue klingende Prospektpfeifen für die beiden heute nicht mehr vorhandenen Unterwerksprospekte lieferte. Dies stützt die These, dass das Unterwerk bei Egedacher tatsächlich ein Begleit-, bzw. Echowerk war und die Prospekte 1706 möglicherweise gar nicht klangen. Zahlreiche originale Egedacherprospektpfeifen finden sich an der Domorgel noch heute im Kronwerkprospekt von 1703. Das dort befindliche, in den beiden kleineren Feldern stehende Salicional 8' (!) wurde spätestens 1842 stillgelegt und besitzt heute wohlmöglich noch seine originalen Stimmausschnitte, bzw. die Intonation von 1703. Die mittig stehende Egedacher'sche Octave 4' des Kronwerks wurde dagegen von Mooser 1842 angelängt, ist jedoch seit 1883 ebenfalls stillgelegt. Mooser fertigte zudem die mittig stehende Pfeife ganz neu an.

Bis 1883 wurde eine neue Domorgel durch Matthäus Mauracher sen. erbaut, wobei u.a. Windladen und Pfeifen Moosers, wie auch einige noch auf Egedacher zurückgehende Stimmen weiterverwendet wurden. Das Mittelgehäuse wurde erhöht um das 16' Orpheon (ein Geigenprincipal nach Maurachers Nomenklatur, vgl. St. Johann i. Pongau) des 3. Manuals ab F in den Prospekt stellen zu können. Auch sonst wurden die großen Prospektpfeifen unter Verwendung des alten Materials erneuert. Sie existieren bis heute. Die in der Literatur vielfach genannte Behauptung, dass erst Mauracher 1883 das Hauptwerk auf Prinzipal 16' stellte, ist ein Irrtum. Dies wird lediglich in einem Angebot der Firma Metzler von 1981 genannt und ist dann ohne wissenschaftliche Prüfung u.a. in die 1988 erschienene Festschrift übernommen worden. Richtig ist dagegen, dass bereits Mooser fast 40 Jahre zuvor das Hauptwerk auf Prinzipal 16' gestellt hatte. Zwar befand sich dieses, wie oben beschrieben, im 8' hohen Mittelbau – die tiefe Oktave des offenen Prinzipal 16' realisierte er jedoch mittels einer Transmission des in den Türmen stehenden Pedal-Principalbasses 16'. Die Erhöhung des Mittelfeldes fand, wie oben genannt, zwar 1883 durch Mauracher statt, doch diente sie nicht der Unterbringung des Hauptwerk 16', sondern des neuen offenen 16' des 3. Manuals. Die 16'-Prinzipale des Hauptwerks und (!) des Nebenwerks standen in den Egedacher'schen Pedaltürmen. Diese beiden Werke besaßen Schleifladen mit Barkermaschinen und wiesen jeweils drei Windladen auf, die in den Pedaltürmen drei Etagen übereinander bildeten. Die Manuale drei ("Mittelwerk") und vier ("Echowerk") wie das Pedal erhielten neue Hängeventilladen. In den beiden Glockentürmen befanden sich seit 1703 die Balgkammern, wozu am Spieltisch ab 1883 gleich zwei Kalkantenklingelzüge existierten. Die Disposition der Orgel wurde nach dem Kostenanschlag noch mehrmals geändert und besaß schließlich 69 Register (nicht 70 wie in der Literatur zuweilen angegeben, da Quinte und Superoctav des HW auf einen Registerzug gesetzt und stattessen ein zusätzlicher Kollektivzug ohne eigene Pfeifen eingerichtet wurde). Ebenfalls wurden die beiden Prospekte des Unterwerks entfernt und durch ein je dreiteiliges Gitterwerk ersetzt. In die Galanterietüren sägte man im oberen Teil jeweils ein neues Gitter ein, um im Unterbau befindlichen Pfeifen einen weiteren Schallaustritt zum Raum hin zu ermöglichen. Die beiden Harfenfelder wurden 1883 oder spätestens beim folgenden Umbau mit einer Art "Bodenwanne" nach unten hin vergrößert, um mehr Platz für die Pfeifen, bzw. Hängeventilmechanik zu schaffen. Diese "Bodenwannen" wurden erst 1988 wieder rückgängig gemacht.

Ab 1905 holte man erste Gutachten über diese Orgel ein, da diese nach der Fassadensanierung schadhaft geworden war. Neben dem kostengünstigen Angebot Maurachers einer gründlichen Instandsetzung, welche u.a. den Ersatz sämtlicher durchschlagender Zungen durch aufschlagene und das Anlöten von Ansprachehilfen für alle Streicher vorsah, holte man von derselben Firma zudem ein Neubauangebot auf pneumatischen Kegelladen ein. Außer der Salzburger Firma Franz Mauracher wurde kein Konkurrenzangebot angefordert. Vorerst geschah nichts.

1907 machte der neue Inhaber der Firma Mauracher, Matthäus Mauracher jun., erneut ein Angebot - allerdings für einen möglichst günstig ausgeführbaren "Erweiterungsumbau" auf 93 Register, der dann später auch in Auftrag gegeben wurde und 1912 fertig sein sollte. Quantität ging offenbar der Qualität vor, was sich später rächen sollte.

Nachdem die Orgel nach vielen Verschiebungen Anfang 1914 noch immer nicht vollendet war, wandte sich das Domkapitel hilfesuchend u.a. an die Jägerndorfer Orgelbaufirma Rieger und bat um eine genaue Begutachtung. Mauracher wurde dann jedoch kurz darauf doch fertig, sodass die Gutachter nicht mehr gebraucht wurden. Das Abnahmegutachten fiel nicht in allen Teilen positiv aus - u.a. wurden mangelnde Windstabilität, technische Fehlfunktionen und weitere Probleme erstaunlich direkt kritisiert. Aus Ersparnisgründen wurde nur einen Gebläsemotor installiert, der zudem lautstark arbeitete. Zudem hatte Mauracher die Orgel ohne Rücksprache auf 101 Register erweitert. Pedal, 3. und 4. Manual waren elektropneumatisch, der Rest pneumatisch anspielbar. Mittlerweile waren im Instrument Schleif-, Hängeventil- und Taschenladen vertreten. Offenbar hatte Mauracher im nicht sonderlich großen Gehäuse die Laden immer dort eingebaut wo gerade Platz war. Außerdem hatte Mauracher die Schleifen der Schleifladen entfernt (!) und nach Vorbild Stift Admont gegen pneumatische Absperrmembranen getauscht, die den Quellen nach zu urteilen nicht wirklich sauber arbeiteten und gleich bei der Kollaudierung massive Durchstecher verursachten. Entsprechend hatten die Organisten permanent mit technischen Problemen zu kämpfen

Nachdem bereits in den 1920er-Jahren die Wartung an die Cäcilia Österr. Orgelbau AG gegangen war, erweiterte der Nachfolgebetrieb Dreher & Flamm die Orgel 1937 um eine Chororgelanlage. Die Registerschalter wurden im Spieltisch über dem 4. Manual angebracht. Ebenfalls waren die elektrisch traktierten Teile der Großen Orgel vom Chororgelspieltisch steuerbar.

1944 wurde die Orgel im Sommer laut Inschrift im Gehäuse nochmals gründlich gestimmt - wenige Wochen später wurde die Kuppel des Doms zerstört. Die Orgel an sich wurde dadurch zwar stark verschmutzt, blieb aber sonst unbeschädigt. Nach Errichtung einer Trennwand zum Kuppelraum konnte das Instrument wieder spielbar gemacht werden.

Bis 1959 wurde die Orgel dann instandgesetzt. Ein neuer viermanualiger Spieltisch der Firma Eisenschmidt wurde seitlich aufgestellt, die Taschenladen tauschte man gegen Kegelladen aus. Sämtliche bislang pneumatischen Verbindungen wurden gegen Wippmagneten ersetzt. Trotz weniger neobarocker Registeränderungen blieb die Orgel in ihrem höchst problematischen technischen Zustand von 1914 bestehen. Die Chororgeln wurden nun hinter dem Hochaltar zusammengefasst. Hierzu wurden zudem aus den ehemaligen Schwalbennestern bereits 1944 gerettete Pfeifen und eine Windlade wiederverwendet. Gebläsemotor und Trakturmagneten des Hochaltarwerks von 1937 mussten jedoch neu beschafft werden, da man diese bereits Ende der 1940er-Jahre an die Pfarre Itzling verkauft, bzw. "ausgeliehen" hatte. Zusätzlich wurde ein zweimanualiger Spieltisch am heutigen Platz der Treppe zur Hoforgel aufgestellt. Die Chororgel war ebenfalls vom Hauptspieltisch aus bedienbar.

Nach zunehmenden Funktionsstörungen plante man ab 1979 eine Generalüberholung und tiefgreifende neobarocke Umdisponierung der Hauptorgel womit man die ortsansässige Firma Dreher & Reinisch beauftragte. Die Arbeiten wurden jedoch noch vor der Ausführung im Jahre 1981 kurzfristig wieder storniert.

In der Folge versuchte man die Situation durch einen vollständigen Neubau zu lösen und in diesem Zuge auch die Kuppelorgeln wieder zu errichten. An Fronleichnam 1988 wurde schließlich die heutige Orgel eingeweiht. Das Gehäuse des Rückpositivs wurde dazu völlig neu erstellt.

Aus der alten Orgel stammen noch Teile der Register Octave 2' und Holzflöte 8' (ab g°) im Rückpositiv, der mittige 16' Prospekt (ab F) und der 8' des Cornet V im Hauptwerk. Ebenfalls teilweise alt sind die Principale 8' und 4' im Schwellwerk und der Prästant 16' (ab C) im Prospekt) wie der Subbass 16' im Pedal. Insbesondere die alten Holzpfeifen sind jedoch tiefgreifend überarbeitet worden. An den metallenen Prospektpfeifen von 1883 wurden sämtliche Vorderbärte entfernt.

1990 Veränderung der Winddrücke durch Orgelbau Metzler AG.

1998 Neuer Hauptbalg in der nordseitigen Turmkammer durch Orgelbau Metzler AG.

2018 Reinigung und div. Änderungen der Windversorgung durch Orgelbau Metzler AG. Zudem Stilllegung des 5 1/3'-Chors der großen Hauptwerksmixtur.