1628 wurde an diesem Platz das erste Instrument erbaut. Die sogenannte Hoforgel besaß zunächst nur ein Manual und Pedal. Später wurde sie durch die Hoforgelbauer Egedacher erheblich vergrößert und umgebaut bis sie 1859 entfernt worden war. Das metallene Pfeifenwerk wurde an die Orgelbauer J. N. Mauracher und M. Mauracher, wie die Pfarre Saalfelden verkauft.

Im Dom kam es erst 1937 zum Bau einer Schwalbennestorgel mit zwei Freipfeifenprospekten am Platz der ehem. Heilig Geist und der Hoforgel. Das Pedalwerk und 2. Manual wurde hinter den Hochaltar gestellt. Diese Orgel war auch vom 1914 erbauten Hauptspieltisch aus spielbar, ebenfalls die Werke III., IV. und Pedal der Hauptorgel vom neuen Chororgelspieltisch.

1944 wurde die Orgel massiv beschädigt und abgebaut. Zunächst war ein identischer Wiederaufbau inklusive neuem Kuppelfernwerk geplant, was aber gegen die Denkmalpfelge nicht durchzusetzen war. 1959 stelle man die Chororgel daher geschlossen hinter dem Hochaltar auf.

1990/91 wurden die Vierungsemporen neu aufgebaut. Die Gehäuse sind Neuschöpfungen. Die Hoforgel besitzt – im Vergleich mit der Heilig Geist Orgel – einen frischeren und präziseren Klang der Prinzipalstimmen, wie auch einen etwas höheren Winddruck. Gewöhnungsbedüftig für Gäste ist die keinem historischen Vorbild entsprechende Pedalmensur mit weit auseinandergezogenen aber sehr großen Tasten. Um optische Analogie zur Heilig Geist Orgel zu erreichen stehen im Mittelfeld des Prospekts die in der kurzen Oktave nicht vorhandenen und daher stummen Prinzipal 8' Pfeifen Cis, Dis, Fis und Gis. Interessant ist, dass diese Orgel trotz geringerer Pfeifenanzahl ein leistungsfähigeres Gebläse besitzt. Das Werk wurde mit einer modernen, starren Windversorgung durch Windladenbälge ausgestattet.