Das Werk stand ursprünglich auf einer 2. Musiklempore, die sich etwa 2m über dem heutigen Emporenniveau befand. Der Spieltisch ist zwar in großen Teilen von M. Mauracher I., muss aber nicht zwingend für diese Orgel erbaut worden sein. Auch die Windlade des 2. Manuals war ursprünglich anders mit eigener, vermutlich fixer, Pedalventikoppel ähnlich wie in in Pfarrwerfen geplant. Die Pedalkoppel wurde nachträglich oder während dem Aufbau zugedübelt und abgeschiedet. Stattedessen wurde am hinteren Ladenende ein neuer 2. Ventilkasten für den Violon 16' in provisorisch anmutender Machart angebaut. Die zugehörige Traktur wurde dort verlegt wo gerade Platz war – mit allen entsprechenden negativen Konsequenzen.

1887 Instandsetzung und Einbau des Salicionals mit Schlüssellochexpressionen (Bauart wie z.B. im Embach, Schrifttype auf dem Registerzug z.B. wie in Muhr) durch Albert Mauracher, Salzburg-Mülln. Die Floete 4' weist zwei unterschiedliche Bauarten auf: Die Bassoktave mit Innenrohren wie in der Salzburger Kollegienkirche, ab c° dann mit Außenrohren, was aber der Bauart und Beschriftung des (Egedacher-)Flagiolets 2' der Kollegienkirche entspricht. Möglicherweise kam dieses Register erst nachträglich in die Orgel. 

1910 technische und klangliche Modifikationen durch Hans Mertel, Salzburg. Bei dieser Gelegenheit wurde wohl die Dulciana 8' im 2. Manual eingebaut. Dazu doppelte Mertel die Stöcke auf und änderte die Reihenfolge der meistern Register auf der Lade komplett um. 1926 neuer Zinkprospekt. 1948 neuer Schwimmerbalg durch Carl Bindig, Thalgau - vermutlich zeitgleich mit den Umbauarbeiten in der Dekanatspfarrkirche Saalfelden. Es ist bemerkenswert, dass die Orgel seit ihrer Erbauung durchgehend massive technische Probleme hatte.

1989 Umsetzung auf die erste Empore und diverse Instandsetzungsarbeiten, bzw. erneut großflächige technische Veränderungen (teilweise neue Raster, neuer Schwimmerbalg, neue Ventile, neue Ventilanhänger, neue Schleifendichtungen, neue Abstraktenrechen, neue Pedalklaviatur, Tausch fast aller Schlitzschrauben durch Spaxschrauben, neue Pedalklaviatur etc.). Der Octavbass 8' war eine Transmission der Philomela mittels eigener Schleife um diese nur von C-f° erklingen zu lassen. Die Pedalventilkoppel muss bereits seit Jahrzehnten defekt, bzw. eine Dauerbaustelle gewesen sein. Die massiv durch Anobien geschädigte Orgel befand sich seit ca. 2010 in einem unspielbaren Zustand, eine Elektronenorgel diente daraufhin seit vielen Jahren als Ersatz. Die Disposition lautete seit 1910:

1. Manual C-f3: Manual-Untersatz 16' (C-f°), Bordun 16' (fs°-f3), Principal 8', Philomela 8', Gamba 8', Salicional 8', Octav 4', Superoctav 2', Mixtur

2. Manual C-f3: Geigen Principal 8', Doppelfloete 8', Dulciana 8', Geigen Prästant 4', Floete 4'

Pedal C-c1: Violon 16', Octavbass 8' (aktiviert die Philomela von C-f° über eine eigene Schleife und klingt dann auch im HW mit)

Manual Coppel (II/I), Pedal Coppel (I/P – Registerschild ohne Bezeichnung, zuletzt defekt)

2021-2022 umfassende Restaurierung und Reorganisation der Mauracherorgel durch Karl Schuke Berliner Orgelbauwerkstatt. Sämtliche historische Pfeifen – auch die von 1887 und 1910 – wurden restauriert. Ebenfalls wurden alle noch restaurierbaren technischen Bestandteile beibehalten. Ein doppelfaltiger Magazinbalg nach Mauracher kam neu hinzu. Violon 16' und eine neuer Bombardon 16' mit Mauracher-typischen Holzbechern wurden auf eine eigene Pedallade, die separat hinter dem historischen Gehäuse aufgestellt ist, platziert. Die gesamte Spiel- und Registertraktur wurde nach Mauracher'schen Vorbildern instandgesetzt, bzw. ergänzt. Ein Neubau der mehrfach umgestalteten (siehe oben) Windlade des Echowerks war unumgänglich und ist streng nach Maurachers Machart durchgeführt worden. Dabei wurden einige weitere Register ergänzt, die sich vornehmlich an Mensuren der Kollegienkirche SBG orientieren. Die Philomela 4' des 2. Manuals stand ursprünglich 1870 in der Orgel des damals am Mirabellplatz befindlichen Borromäums SBG. 1935 verwendete man diese Pfeifen als Quinte 2 2/3' im Fernwerk des neuen Borromäums in Parsch. Nachdem das Fernwerk um 2010 abgetragen wurde, konnten die Pfeifen 2015 durch Dr. Philipp Pelster vor der Verschrottung bewahrt werden und fanden schließlich 2022 ihren Platz in Maria Alm, wobei die Töne C-FS (gedeckt, mit Lochlabium) und ab cs3 durch Schuke originalgetreu ergänzt worden sind. Die größtenteils barocke Flöte 4' wechselte ins Hauptwerk anstette des ins Echo versetzten Salicionals vonb 1887.

Wiedereinweihung der Mauracherorgel am 3.7.2022.