Das Werk war 1935 als Engelbert Dolfuß Gedächtnisorgel gebaut worden. Die Disposition stammte von Domorganist Franz Sauer und Pfarrer Franz Gmachl, damals Musikpräfekt des Salzburger Borromäums. Indizien sprechen dafür, dass die Hauptorgel möglicherweise zunächst rein pneumatisch angesteuert war. Das Fernwerk wurde zunächst auch von dort aus über einen langen Kanal über den Dachboden mit Wind versorgt. Im Fernwerk kam Drehers eigene Magnetkonstruktion zum Einsatz: Auslassmagnete hoben über Membranen die Zustromventile zu den Kegelladen. Wie auch z.B. im Salzburger Borromäum erwies sich diese Konstruktion als äußerst mangelhaft.

1956 wurde die Orgel durch Dreher & Reinisch überholt. Dasselbe geschah 1972, wobei ein neuer elektrischer Eisenschmidt-Spieltisch eingebaut wurde. In diesem Zuge erhielt das Fernwerk neue Magneten und einen eigenen Keilschwimmer nebst Gebläse, der Kanal wurde stillgelegt. Die Hauptorgel wurde um eine recht primitiv gebaute weitere Kegellade als zusätzliches 2. Manual bereichert. Der Manualumfang wurde von 58 auf 56 Töne reduziert.

2016 bis 2017 umfassende Restaurierung durch Roland Hitsch, Salzburg. Dabei wurde neben den üblichen Arbeiten auch die Elektroanlage den aktuellen Vorschriften angepasst. Die Unda Maris im Fernwerk ist lediglich ein Kollektivzug von Copel und Spitzflöte. Die Posaune 16' ist durchschlagend nach Patent Heinrich Koulen, Augsburg, dem Lehrmeister Max Drehers.