1832 erbaute Karl Mauracher eine neue Orgel für Saalfelden. Nach einer Kirchenumgestaltung kam das zweiteilige Gehäuse nebst Prospektpfeifen im Frühjahr 1860 in die Kirche auf dem Dürrnberg. In Saalfelden erbaute J. N. Mauracher mit einigen vorhandenen Teilen 1861 eine quasi neue Orgel auf der damals noch vorhandenen zweiten Empore. Das Werk hatte jedoch von Beginn an mit technischen Schwierigkeiten und erheblichen Funktionsstörungen zu kämpfen. Erst nach 1879 gelang es dem Erbauer offenbar die Probleme für eine Zeit lang in Griff zu bekommen. Dabei wurde auch gleich die Disposition verändert: Gamba 8' wurde umgebaut und ein 8' im Pedal zur Quinte abgeschnitten. Nach 1900 veränderte Albert Mauracher die Orgel erneut: Die Gambe wurde abermals erneuert, die Balganlage komplett neu gestaltet. Außerdem folgen verschiedene weitere Änderungen an der Disposition, u.a. der Einbau einer Philomela 8' im 2. Manual, wie auch eine weitgehende Neuintonation des Werks.

1936 kam es zum nächsten technischen Umbau durch Fa. Mertel aus Salzburg. Dabei wurden auch die 1917 abgelieferten Prospektpfeifen ersetzt. 1942 brachte Domkapellmeister Meßner einen elektropneumatischen Umbau nebst Erweiterung auf drei Manuale durch Fa. Dreher & Flamm, Salzburg ins Gespräch. Die Ausführung unterblieb.

1949 griff man diese Pläne wieder auf, entschloss sich aber auf Anraten mit dem Orgelfachberater der Diözese, Dr. Anton Dawidowicz zunächst nur zu einem Umbau durch Carl Bindig aus Thalgau, wobei die Beibehaltung der Schleifladen besonders hervorgehoben wurde. Die zum Umbau notwendigen Materialien wie u.a. Mechanikteile, Pedalergänzungslade und das neue Pfeifenwerk bestellte Bindig damals bei der Firma Rieger in Schwarzach komplett vor und baute alles vor Ort nur noch zusammen: Neuaufbau des Spieltischs in teilweise neuem Gehäuse und Erweiterung des Pedalumfangs um 12 Töne. Neue Pedalkoppel II mit neuem Wellenbrett im Spieltisch, Pedalkoppel I bekommt eine Erweiterung um 12 Töne im Spieltisch. Neue Pedaltraktur. Aufstellung einer Pedalergänzungslade hinter der Orgel mit neuem Pfeifenwerk fs°-f1. Neuer Gebläsemotor. Ausbau der Hohlflöte 8’ von 1861 und Einbau eines Gemshorn 8’. Umintonation von Flöte 4’ und Quinte im HW, sowie Principal 4’ und Oktav 2’ im Echo. Kürzen des Salicional auf 1 1/3’, Entfernung der Philomela. Zudem Abschneiden des Violonbass 16’, Deckung und Umintonation durch Erhöhen der Aufschnitte in einen Subbass 16’. Umintonation des Oktavbass 8’ in eine Bassflöte 8’. Abschneiden und Umintonation des 5 1/3’ in einen 4’.

1977 Mehrwöchige Instandsetzung durch Hermann Oettl und neue Prospekpfeifen, nachdem die Orgel zuvor abermals längere Zeit unspielbar war.

1994 Abtragung der zweiten Empore und Instandsetzung durch Fa. Mertel, Salzburg. Dabei kommt es abermals zu einem massiven Umbau der gesamten Substanz. U.a. werden die Gamba 8’ Albert Maurachers und das Gemshorn 8’ Bindigs entfernt. Die Zusammensetzung des Cornet wird abermals geändert, die teilweise erhaltenen Basspfeifen Maurachers baut man bis fs° nicht wieder ein. Die 1949 erstellte Erweiterung im Pedal wird geändert: Die Lade Bindigs/Riegers wurde inklusive der Pfeifen entfernt und gegen zwei neue Laden ersetzt, die komplette Kanalanlage weicht einer neuen Konstruktion aus Schichtholz. Zudem wird die Pedalmechanik wieder teilweise neugebaut. Auch das Pfeifenwerk der Pedalergänzungen wird neu erstellt. Die 1949 geschaffene Bassflöte 8’ erfährt abermals eine Rückintonation zum Oktavbass Die Disposition lautet danach: HW C-f3: Principal 8 (größtenteils von 1977), Hohlflöte 8 (1995 neu), Gedact 8, Gamba 8 (1995 neu), Octav 4, Flöte 4, Quinte 2 2/3, Octav 2, Mixtur, Cornet. UW C-f3: Gedact 8, Salicional 8 (1995 angelängt), Principal 4, Flöte 4 (1995 neu), Octav 2. Pedal C-f1: Principalbaß 16 (fs°-f1 1995 neu), Subbaß 16 (fs°-f1 1995 neu), Octavbaß 8 (fs°-f1 1995 neu), Cello 8 (C-f° 1977, dann 1995), Quintbaß 5 1/3 (angelängt, fs°-f1 1995 neu). Das Gehäuse erhielt neue Füllungen aus Tischlerplatten, ein bisher nie vorhandenes Dach wurde eingebaut. Beim Neuaufbau der Orgel müssen im Bereich des Pfeifenwerks Fehler passiert sein – nun waren viele Pfeifen zu kurz, einige andere (Diskant und Pedal) jedoch kurioserweise nicht. Die Stimmtonhöhe betrug nach Abschluss der Arbeiten 440Hz bei 4°C, d.h. fast 450Hz bei 16°C. Daraufhin brachte man nachträglich Stimmringe aus Orgelmetall an, die aufgrund mangelnder Stabilität jedoch permanent verrutschten. 2008 lötete man diese Ringe im Haupwerk fest. Im Echowerk wurde vorerst Klebeband eingesetzt.

Aufgrund der zahlreichen tiefgreifen Maßnahmen der letzten 170 Jahre konnte von einer J. N. Mauracherorgel keine Rede mehr sein, da kaum ein Teil der Orgel nicht mehr oder minder stark verändert worden war. Zuletzt war die Orgel quasi unstimmbar, wie auch aufgrund zahlreicher technischer Defekte nur noch stark eingeschränkt bis jahreszeitlich bedingt gar nicht mehr spielbar. Im Vergleich zu anderen Mauracherorgeln war die Anlage in Saalfelden wenig dauerhaft angelegt und daraufhin immer wieder verändert worden.

2020-2021 erfolgte daraufhin der Neubau der Orgel unter Verwendung der Pfeifen von Mauracher, Mertel und des Oettl-Prospekts durch Orgelbau Tilman Trefz, Kernen-Rommelshausen bei Stuttgart.