Nachdem die im 18. Jahrhundert von Rochus Egedacher erbaute einmanualige Orgel an die Pfarre Koppel verkauft worden war, baute Johann Nepomuk Mauracher 1862 in Gnigl eine neue Orgel. Im Gegensatz zur Mauracherorgel, blieb von der Egedacherorgel in Koppl wenigstens bis heute das Gehäuse erhalten. Fritz Mertel sen. baute 1960 unter Verwendung einiger alter Mauracherregister eine neue Orgel. Teilweise fanden hier - wohl zur Kostenersparnis - Pfeifen aus Lagerbeständen Mertels, die u.a. von der ehem. Firma Cäcilia Orgelbau stammten, Verwendung. Um dem Kirchenchor mehr Platz zu geben, wurde die Orgel an der Turmwand aufgehängt. Da sich das Gebläse ungeschützt im Turmraum befand und Außenluft ansaugte, wirkten sich auch kleinste Witterungsschwankungen erheblich auf die Stimmhaltung auf. 2007 Reinigung Fa. Mertel. Aufgrund akuter Brandgefahr der veralteten Elektroanlage ist die Orgel dann Anfang 2020 stillgelegt worden. Als Interimsinstrument fand eine einmanualige Orgel mit Pedal im Chorraum Aufstellung. Das Werk war ca. 1975 von der Firma Weigle, Echterdingen b. Stuttgart für die Evangelische Kirche in Wössingen bei Karlsruhe erbaut worden. In den 1990-er Jahren erfolgte eine Reinigung und Neuintonation durch Gerhard Lenter, Sachsenheim. Nachdem die Kirche in Wössingen eine größere Hausorgel erworben hatte, konnte das solide gebaute Instrument für die Gnigler Pfarrkirche erworben werden, wo es durch Roland Hitsch aufgestellt wurde.

2025 wird die stillgelegte Mertelorgel durch ein neues Instrument der Vorarlberger Firma Rieger Orgelbau GmbH ersetzt werden.