Nachdem die im 18. Jahrhundert von Rochus Egedacher erbaute einmanualige Orgel an die Pfarre Koppel verkauft worden war, baute Johann Nepomuk Mauracher 1862 in Gnigl eine neue Orgel. Im Gegensatz zur Mauracherorgel, blieb von der Egedacherorgel in Koppl wenigstens bis heute das Gehäuse erhalten.

Fritz Mertel sen. baute 1960 unter Verwendung einiger alter Mauracherregister eine neue Orgel. Teilweise fanden hier - wohl zur Kostenersparnis - Pfeifen aus Lagerbeständen Mertels, die u.a. von der ehem. Firma Cäcilia Orgelbau stammten, Verwendung. Um dem Kirchenchor mehr Platz zu geben, wurde die Orgel an der Turmwand aufgehängt. Da sich das Gebläse ungeschützt im Turmraum befand und Außenluft ansaugte, wirkten sich auch kleinste Witterungsschwankungen stets erheblich auf die Stimmhaltung auf. Die Disposition lautete:

1. Manual, Hauptwerk C-g3: Prinzipal 8' (Prospekt, Zink), Hohlflöte 8' (1862), Salicional 8', Oktav 4', Superoktav 2' Mixtur 3-4f 2'. 

2. Manual, Nebenwerk C-g3/g4: Lieblich Gedeckt 8' (1862), Dolce 8' (Cäcilia-Pfeifen), Prästant 4', Nachthorn 4', Quint 2 2/3', Blockflöte 2', Zymbel 3f 1'.

Pedalwerk C-f1: Subbaß 16' (teils 1862), Zartbass 16' (Windabschwächung), Oktavbaß 8' (Prospekt., Zink), Choralbaß 4' (ehem. Prospektpfeifen aus Zink)

2007 Reinigung Fa. Mertel. Aufgrund akuter Brandgefahr der veralteten Elektroanlage ist die Orgel dann Anfang 2020 stillgelegt worden. Als Interimsinstrument fand eine einmanualige Orgel mit Pedal im Chorraum Aufstellung. Das Werk war ca. 1975 von der Firma Weigle, Echterdingen b. Stuttgart für die Evangelische Kirche in Wössingen bei Karlsruhe erbaut worden. In den 1990-er Jahren erfolgte dort eine Reinigung und Neuintonation durch Gerhard Lenter, Sachsenheim. Nachdem die Kirche in Wössingen eine größere Hausorgel erworben hatte, konnte das solide gebaute Instrument für die Gnigler Pfarrkirche erworben werden, wo es durch Roland Hitsch aufgestellt wurde.

2024 wurde stillgelegte Mertelorgel angetragen. In der neuen Orgel fanden einige der noch aus der Orgel von 1862 stammenden Pfeifen der Flöte 8' und des Gedeckt 8' nach Restaurierung Verwendung. Als erste Orgel im Land Salzburg besitzt dieses Instrument Klaviaturumfänge mit 61/32 Tasten. Intonation: OBM Alois Schwingshandl.